В 1656 году ставший за шесть лет до этого патриарха и только что начавший церковную реформу Никон распорядился о строительстве нового монастыря. Вполне в духе господствовавшей идеологии "Москва — Третий Рим", монастырь должен был стать религиозным центром всего православного мира. По замыслу, он должен был копировать сооружения Святой Земли (и называться Новый Иерусалим), а главный собор — храм Гроба Господня в Иерусалиме. Реку Истру переименовали в Иордан (Иордань). Также окрестные холмы и деревни получили новые, библейские, названия, как-то Вифания, горы Фавор и Елеон, поток Кедрон. Великое дело, начатое Патриархом в 1656 году, еще во время его дружбы с Царем Алексеем Михайловичем, и продолжавшееся при его пособии даже в период охлаждения этой дружбы с 1658 по 1666 гг., почти на 14 лет приостановилось со ссылкой Патриарха в конце 1666 года, но возобновилось усердием Царя Федора Алексеевича и благодаря старанию его тетки Царевны Татьяны Михайловны в 1679 году. По завершению строительства Воскресенского собора, 18 января 1685 года он был освящён. В 1686 году державные ктиторы Воскресенского собора даровали Воскресенской обители жалованную, так называемую «вечно утвержденную грамоту» на все ее тогдашние вотчины и угодья.Развивающийся монастырь на протяжении трех  столетий монастырь был одним из самых популярных центров паломничества, который всегда  посещался не только  рядовыми  богомольцами ,но и членами  императорской  фамилии. Закрытый в 1918 году монастырь  пережив   на протяжении  80-ти лет  трудный период   гонений на православную веру вновь  открыл возможность   помолиться   в своих  стенах  верующим  и паломникам   в 2012 году. В 2018 монастырь был окончательно восстановлен   по первозданному   образу